Myb介导花青素的生物合成
上期说到花青素的生物合成主要有结构基因和调节基因共同作用,其中调节基因主要是指能够调控基因转录的一些转录因子(transcription factors)。参与调节花青素生物合成的转录因子主要有MYB、bHLH和WD40三类转录因子,由于Myb家族成员数量众多,研究比较深入,因此这里主要谈一下Myb转录因子对于 ...
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上期说到花青素的生物合成主要有结构基因和调节基因共同作用,其中调节基因主要是指能够调控基因转录的一些转录因子(transcription factors)。参与调节花青素生物合成的转录因子主要有MYB、bHLH和WD40三类转录因子,由于Myb家族成员数量众多,研究比较深入,因此这里主要谈一下Myb转录因子对于 ...
与已知MYB蛋白序列比对: 将待测蛋白序列与已知具有R2和R3结构域的MYB蛋白序列进行比对。 如果待测蛋白序列在对应位置具有高度相似性,尤其是R2和R3结构域的保守氨基酸残基,则可以初步判断该蛋白含有R2和R3结构域。
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然而,调控中国樱桃果实颜色变化的花青素生物合成相关的MYB转录因子尚未明确。 结果:本研究通过全基因组鉴定,对中国樱桃的R2R3-MYB基因家族进行了特征分析,并与10种蔷薇科近缘物种和拟南芥进行了比较。
MYB与MYB-related是否应该分开分析? 这几年分析植物转录因子的文章特别多,其中MYB家族的关注度应该算是位居前列的。 笔者刚刚研二,也在涉及这个领域,很疑惑的是:不管是植物在测序结果中,还是… 显示全部 关注者 7 被浏览
例如Myb家族中的转录因子有特定的结合位点MBS、MRE等顺式作用元件,这是通过研究发现然后总结出的。 基因上游的启动子区域有许多的转录因子结合位点,不同的TFBS结合不同的TF,从而调节基因的转录。
当然,如果你有目标明确的转录因子类型,我建议你直接通过转录因子基因家族鉴定进行查找,例如我想知道差异表达基因中有没有我想要的MYB、MYC、WKRY、bZIP等类型的转录因子,我们可以用注释文件查找,或者自己进行转录因子基因家族鉴定之后再查找。
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举个例子来说,Myb家族蛋白的结构,是具有典型的HTH结构(helix-turn-helix)的氨基酸序列,而通常所有的R2R3-Myb,就是具有类似的两个不完全重复的HTH结构,这个结构是由一些非常保守的氨基酸序列构成的。 什么是保守呢? 其实可以理解为不变。